2016年，淮安市有各类卫生机构（不含村卫生室）813个，其中疾病预防控制机构9个，卫生监督机构9个，综合医院36个，专科医院14个，中医院6个，妇幼保健机构9个，卫生院128个，社区卫生服务中心（站）79个。各类卫生机构实有病床27529张，其中医院17574张、卫生院7926张。卫生技术人员3.15万人，其中执业（助理）医师1.24万人，注册护士1.43万人；疾病预防控制机构卫生技术人员432人，卫生监督机构卫生技术人员167人，妇幼卫生保健机构卫生技术人员1587人。市妇幼保健院、市公共卫生中心异地新建有序推进，市直医院全部达到三级以上。